弥生人の身体的特徴を最も雄弁に物語るのが、北部九州地域や山口地域の甕棺墓・土坑墓・箱式石棺墓等の墳墓から出土する人骨です。吉野ヶ里遺跡、鳥栖市域や土井ヶ浜遺跡（山口県下関市）の弥生人は、顔が面長で身長も高く（男性平均で160cm以上）、中国長江流域、黄河流域や朝鮮半島で出土した人骨に近い特徴を示します。一方、大友遺跡（佐賀県唐津市）、深堀遺跡（長崎市）や南九州の広田遺跡（鹿児島県南種子町）の弥生人は、顔面が短く、身長も低く（男性平均で160㎝以下）、大きな違いがあります。

同時代の弥生人に、なぜ、こうした形質的な差異がみられるのかについては、縄文時代の晩期から弥生時代にかけて中国大陸や朝鮮半島から日本列島に断続的に渡来した、いわゆる渡来人の形質が関係していると考えられています。